In der Öffentlichkeit wird die JVA Werl vor allem als eine Anstalt mit langstrafigen Gefangenen („Langstrafenanstalt“) wahrgenommen.
Das ist zum einen historisch zu begründen: Die Anstalt entwickelte sich in der Zeit des Nationalsozialismus vom Gefängnis über das Zuchthaus zur Sicherungsanstalt. Die Dauer der Inhaftierung war unklar und konnte viele Jahre betragen. Zum anderen wurden nach Inkrafttreten des StVollzG in 1977 überwiegend langstrafige Gefangene in die JVA Werl eingewiesen, da die Anstalt über einen hohen baulichen Sicherheitsstandard verfügte und verfügt.
Derzeit verbüßen ca. 13 % der Insassen in der JVA Werl eine lebenslange Freiheitsstrafe oder die einer Sicherungsverwahrung zwingend vorausgehende Strafhaft, ca. 11 % der Insassen befinden sich bereits in der Sicherungsverwahrung.
Ungeachtet der Wahrnehmung der Anstalt in der Öffentlichkeit richtet sich die sachliche (Dauer bzw. Art der zu verbüßenden Freiheitsstrafe/Maßregel; Nationalität des/r Verurteilten) und örtliche Zuständigkeit aller Gefängnisse in Nordrhein-Westfalen nach dem Vollstreckungsplan 
für das Land Nordrhein Westfalen. Es wird hierbei zwischen dem Vollzug an Gefangenen unterschieden, die das erste Mal zum Vollzug einer Freiheitsstrafe in Haft kommen (sog. Erstvollzug) und Gefangenen, die bereits zum wiederholten Male in Haft sind (sog. Regelvollzug). Der Wohnort des Verurteilten vor der Inhaftierung ist dabei maßgeblich für den Landgerichtsbezirk, aus dem sich sodann die örtliche Zuständigkeit ergibt.
Im Vollstreckungsplan NRW (Stand: Oktober 2023) ist für die JVA Werl festgelegt:
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LG-Bezirk |
Art des Vollzuges |
Dauer der Freiheitsstrafe |
|---|---|---|
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Arnsberg |
Regelvollzug |
18- einschließlich 36 Monate |
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Arnsberg |
Erst- und Regelvollzug |
über 36 Monate |
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Bielefeld |
Erstvollzug |
18- einschließlich 36 Monate |
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Bielefeld |
Erst- und Regelvollzug |
über 48 Monate |
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Detmold |
Erst- und Regelvollzug |
über 48 Monate |
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Dortmund |
Regelvollzug |
18 - (einschl.) 36 Monate |
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Dortmund |
Erst- und Regelvollzug |
über 48 Monate |
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Hagen |
Regelvollzug |
18 - (einschl.) 36 Monate |
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Hagen |
Erst- und Regelvollzug |
über 36 Monate |
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Münster |
Regelvollzug |
3 - (einschl.) 9 Monate |
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Münster |
Regelvollzug |
18 - (einschl.) 36 Monate |
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Münster |
Erst- und Regelvollzug |
über 36 Monate |
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Paderborn |
Regelvollzug |
3 - (einschl.) 36 Monate |
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Paderborn |
Erst- und Regelvollzug |
über 36 Monate |
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Siegen |
Erst- und Regelvollzug |
über 36 Monate |
Von dieser Regelung nicht betroffen sind Gefangene, bei denen aufgrund der besonderen Bestimmungen eine Teilnahme am Einweisungsverfahren in der JVA Hagen angezeigt ist.
Darüber hinaus ist die JVA Werl seit Mai 2016 alleinig zuständig für den Vollzug der Sicherungsverwahrung an männlichen Verurteilten, welche zuvor in Nordrhein-Westfalen lebten.
Im Zuge der Teilräumung der JVA Münster im Juli 2016 ist bis auf Weiteres das Pädagogische Zentrum für den Justizvollzug in Nordrhein-Westfalen in der JVA Werl untergebracht.