Die medizinische Versorgung der Insassen erfolgt durch den medizinischen Dienst der Anstalt in dem 2016 neu errichteten, barrierefreien und apparativ gut ausgestatteten Gesundheitszentrum der JVA Werl. In dessen Räumlichkeiten erfolgt durch externe Fachkräfte auch die Versorgung mit Brillen und die Anpassung medizinischer Hilfsmittel (z.B. orthopädische Schuhe, Einlagen, Prothesen), es werden in regelmäßigen Abständen Krankengymnastik und physiotherapeutische Behandlungen durchgeführt, bei entsprechender Indikation können hier Patienten mit dermatologischen oder orthopädischen Problemen auch medizinische Bäder, UV-Bestrahlungen oder Kurzwellen-Therapien wahrnehmen. Für mental oder körperlich beeinträchtigte Patienten besteht zudem die Möglichkeit der Teilnahme an einer Ergotherapie. Auch verfügt das Gesundheitszentrum über ein Patientenzimmer, in welchem die kurzfristige stationäre Behandlung oder Nachsorge von Patienten möglich ist, die keiner Behandlung im Krankenhaus oder Unterbringung in einer Pflegeeinrichtung des Justizvollzuges bedürfen.

Jeder Gefangene oder Untergebrachte hat die Möglichkeit, ohne Angabe von Gründen an der wöchentlich für seinen Haft- bzw. Unterbringungsbereich angebotenen Sprechstunde teilzunehmen. Daneben erfolgen die ärztliche Versorgung akut erkrankter Patienten und die Untersuchung von neu in der JVA Werl eingetroffenen Insassen werktäglich in der Zeit von 08.00 Uhr bis 16.00 Uhr. Obligatorisch werden den Insassen die Untersuchungen zum Ausschluss von infektiösen Erkrankungen (z.B.: Tbc, HIV oder Hepatitis) sowie die üblichen Impfungen angeboten. Bei gegebener Indikation werden drogenabhängige Patienten in der JVA Werl nach den Leitlinien der Bundesärztekammer in eine Substitutionsbehandlung übernommen oder medikamentengestützt „warm“ entzogen.

Notwendige labormedizinische Untersuchungen werden vom Labor des Justizvollzugskrankenhauses Fröndenberg oder von beauftragten externen Laborinstituten durchgeführt. Wenn neben den Untersuchungen oder Behandlungen in medizinischen Einrichtungen des Justizvollzuges des Landes Nordrhein-Westfalen weitergehende Untersuchungen oder Behandlungen notwendig werden, erfolgen diese ambulant oder stationär in entsprechend spezialisierten Facharztpraxen oder Kliniken in der Region, mit denen der medizinische Dienst in einem engen, regelmäßigen Kontakt steht und die inhaftierten Patienten ohne Vorurteile begegnen.

Die Vielseitigkeit der Krankheitsbilder, Nationalitäten und Ethnien stellen insbesondere unter Berücksichtigung der besonderen Umgebung „Justizvollzugsanstalt“ eine außerordentliche Herausforderung für die ärztlichen und pflegerischen Kräfte der Anstalt dar. So sind bei der Versorgung der Insassen mit Arznei- und sonstigen Hilfsmitteln und der Versorgung in akuten Notfallsituationen immer auch Sicherheits- und Kostenaspekte zu beachten.