Die JVA Werl wird durch einen Anstaltsleiter, einen Beamten der Laufbahngruppe zwei, zweites Eingangsamt, geleitet. Unterstützt durch die unterschiedlichen Berufsgruppen in der Anstalt, beaufsichtigt durch das Ministerium der Justiz des Landes Nordrhein-Westfalen und im Rahmen der Gesetze und Rechtsprechung trägt er dafür Sorge, dass die organisatorischen, personellen und baulichen Gegebenheiten eine Umsetzung des Behandlungsvollzuges unter gleichzeitiger Beachtung des Sicherheitsaspektes möglich machen. Dem Anstaltsleiter obliegt auch die Leitung der Sicherungsverwahrung, er vertritt die Anstalt nach außen und trägt die Verantwortung für den gesamten Vollzug. Im Innenverhältnis hat er die Verantwortung für vollzugliche Entscheidungen auf sieben Vollzugsabteilungsleiterinnen/-abteilungsleiter  übertragen. Allerdings gibt es bestimmte beschränkende Maßnahmen zu Lasten einzelner Gefangener bzw. Sicherungsverwahrter, welche nur nach Anordnung durch den Anstaltsleiter zulässig sind.